分居期间孩子抚养费处理方式如下：
1、孩子抚养费的支付最好由夫妻双方先行协商解决。在夫妻发生分居前或分居后，双方可以通过各种联系方式，比如电话、短信、电子邮件等，对孩子抚养费的支付进行协商；
在协商解决分居支付孩子抚养费问题时，夫妻双方最好将抚养费支付协议予以公证，防止以后发生纠纷。
2、如果夫妻双方不能通过协商方式解决分居期间孩子抚养费问题的话，那么可以向起诉解决。
【本文关联的相关法律依据】
根据《民法典》第1085条规定：离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民判决。（《民法典》生效时间为2021年1月1日）