儿童农村合作医疗卡办理流程如下：
1、新生儿要参加医保首先要做参保登记；
2、新生儿的监护人需持新生儿的户口簿复印件和一寸新生儿照片，到户口所在的社区居委会填写《市城镇居民基本医疗保险参保登记表》；
3、由经办人员签名盖章后，把参保登记表送到市医保中心居民科制作社会保障卡，缴纳医保费。
新生儿医疗保险办理需要以下资料：
1、参保登记表；
2、出生医学证明；
3、户口本；
4、父母任意一方或监护人参保证明，父母任意一方参加我市城乡居民医保的无需提供；
5、父母任意一方或监护人缴费单位地址证明（单位营业执照复印件、事业单位机构代码证复印件等包含单位详细地址的有关证明）。仅父母均为市级职工医保或一方为市级职工医保但另一方不在本市参保的需要提供；
6、死亡医学证明（新生儿死亡的需要提供）。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。